Во многу населени места во Македонија од чешмите тече загадена вода. На Македонија ѝ останува да изоди уште многу долг пат за целосно да ги заштити водите од штетното влијание на човековите активности.
Реките и другите водни базени покрај тоа што се загадуваат со постојаното исфрлање тони комунален отпад во нив, се загадуваат и на многу други начини, така што отпадните води од човековите населби не се единствениот загадувач. Но решавањето на проблемот со комуналниот отпад води кон крајната цел – заштита на водите. Системите за прочистување на отпадните води се особено значајни за луѓето бидејќи постои голем здравствен ризик од енормно дневно производство на отпадна вода.
Македонија располага со осум прочистителни станици: две прочистителни станици во Враништа за реоните Охрид, Струга, Трпејца, Пештани и Лагадин изградена во 1985 и 1988 година за механичко и биолошко прочистување на водите, во Дојран изградена во 1989 година за механичко, билошко и хемиско прочистување на водите, во Свети Николе и Македонски Брод изградена во 2000 година, во Ресен за реонот на Јанковец, Царев Двор и Езерани изградена во 2005 година за механичко и биолошко прочистување на водите, во Куманово и Кривогаштани изградени во 2007 година и во Берово изградена во 2010 година. Скоро ниту една од овие прочистителни станици не е во функција или само делумно работи затоа што е многу скапо нивното одржување.
Скопје нема реални шанси наскоро да добие пречистителна станица, бидејќи изградбата на таква станица во Скопје е прескапа, за која градот нема доволно пари. „Квалитетот на водата на влезот во Скопје, кај селото Радуша, е од втора, а повремено и од трета категорија. На мерното место кај Таор, по површината на водата често пливаат разни отпадоци од фекално потекло, има мрсни дамки, водата мириса на гнилеж и постојано е заматена“, се вели во информацијата што е усвоена во 2011. година, а оттогаш ништо не е променето.

Според истражувањата на БИРН (Балканската истражувачка репортерска мрежа) најзагадена водата во Македонија тече од гевгелиските чешми, коишто се снабдуваат преку градскиот водовод (загадена со количеството на арсен кое е над дозволеното), во селата во близина на Тетово каде водата е загадена со бактерии, и во велешките села каде во водата се присутни и фекалии.