Главни извори за загадување на водата се:
1. индустрискиот отпад, особено отпадните води
2. отпадот што го произведуваат домакинствата – ѓубрето и водата искористена за перење
3. хемикалиите кои се користат во земјоделието – пестициди, вештачко ѓубриво…

Индустријата претставува еден од најголемите извори на загадувањето на водите земајќи во предвид дека повеќе од 50% од отпадните води доаѓа од  индустриските  стопански  гранки кои многу често без претходно прочистување ги испуштаат во површинските води по директен или индиректни пат.

Количината на комуналните отпадни води зависи од бројот на домаќинствата на населението, од организацијата на комуналните сервиси за одведувањето на дождовните води преку канализациските системи и системи за прочистување, од депонирање на градското комуналнбо ѓубре во соодветни депонии и соодветно ракување и др. Комуналните отпадни води од домаќинствата се целосно биодеградабилни затоа што најмногу се оптоварени со органски материи кои најчесто се од растително и животинско потекло. Но, поради промените во начинот на живеење на жителите кои се случија во последните децении, се менува и квалитетот на отпадните комунални води,особено од застапеноста на синтетички средства за миење,перење и други санитарни потреби. Загадувањето на градските комунални води се зголемува и од  сообраќајниците поради со користењето на сол, песок и др. материи во зимските месеци. Овиие материи со миењето на улиците директно или преку канализационата мрежа за атмосферските дождови стигнуваат во реките или водните акумулации. Градските комунални води особено фекалните и водите кои потекнуваат од депониите на органското ѓубре загадени се и биолошки со патогени вируси,бактерии,паразити и др.микроорганизми. Во комуналните отпадни води можат да се најдат и разновидни паразитски глисти,тении и др. Во реката Вардар која е главната водена артерија на Р.Македонија според податоците од Републичкиот хидрометеоролошки завод само од градот Скопје се испуштаат годишно околу 10.457.400 m3 непрочистени отпадни води, од домаќинствата и од индустријата. Поради тоа, Вардар на територијата на Скопје е најзагадена река во Македонија.

Земјоделство – Лидер во загадувањето
Современото земјоделство ја нарушува животната средина на повеќе начини. Се отстрануваат живите огради за да се донесат големи машини, кои што го прават земјоделството економски исплатливо.
Со тоа се уништуваат живеалиштата и се пореметуваат сложените синџири на исхрана и нивната поврзаност. Земјоделците користат пестициди за уништување на напасниците. Со тоа се зголемува производството на храна, но се уништува дивиот жив свет. Освен тоа, пестицидите ја загадуваат и храната наменета за човекот. Пестицидите може да бидат разнесени со водените текови и да ја загадат водата за пиење. Ѓубривата се користат како дополнителни хранливи состојки за забрзување на растот на растенијата. Тие исто така може да бидат измиени од почвата во езерата и реките, и да ги загадат резервите на вода за пиење.
Загадување на езерата

Загадувањето на водата со ѓубрива може да доведе до појава на загадување на базените со вода за пиење, меѓу кои најважни се езерата. Ѓубривото предизвикува зголемен пораст на растенија во водата.
Оние растенија кои се натпреваруваат за светлина, ќе изумрат. Микроорганизмите се хранат со мртвите растенија, со што нивниот број се зголемува. Зголемениот број на микроорганизми троши поголеми количини кислород од водата. Рибите и другите водени животни умираат од недостаток на кислород.

Секоја година околу 250,000 луѓе се затруени од пестициди
Пестицидите се долговечни и тешко разградливи супстанци
Долго време се задржуваат во воздухот, во водите и врз почвите